Avanty, Аня, на моей практике всегда вычитали из стоимости покупки ,но случается и такое - возвращают позднее.
Обычно, если это он-лайн магазин, общая стоимость покупки меняется как только вы попробуете поменять адрес доставки (Европа/Россия, например). То есть бывает достаточно сымитировать покупку, чтобы это увидеть.
Но следует помнить, что если вдруг вам высылают товар коммерческим курьером с определенным таможенным лимитом, то вы должны будете уплатить НДС (вместе с таможенной пошлиной) уже в том размере в котором он существует в России на данную группу товаров.